Абу Бакр заболел после купания в холодный день. У него началась горячка, продолжавшаяся 15 дней, в течение которых он не выходил на общую молитву и приказывал проводить молитвы с людьми ’Умару бин аль-Хаттабу, да будет доволен Аллах ими обоими.Всё это время, которое он провёл дома, люди навещали его, а ’Усман, да будет доволен им Аллах, вообще не покидал Абу Бакра, пока тот болел.
Абу Бакр, да будет доволен им Аллах, скончался в ночь на вторник за восемь дней до завершения месяца джумад аль-ахира 13 г. х. Его правление продолжалось 2 года 3 месяца и 10 дней.
Согласно завещанию Абу Бакра обмыть его тело должна была его жена Асма бинт ’Умайс. По одним сведениям, его тело было завёрнуто в два савана, а по другим — в три. Заупокойную молитву по нему прочитал ’Умар бин аль-Хаттаб, после чего Абу Бакра похоронили рядом с Пророком, да благословит его Аллах и да приветствует. Да будет доволен Аллах Абу Бакром и да воздаст Он ему наилучшие воздаяния!