Султанов Мухаммедъяр (1837-1915) был пятым муфтием ОМДС. Его отец Габдельджалиль Султанов был начальником кантона. Сам Мухаммедъяр закончил Оренбургскую гимназию и поступил на медицинский факультет Казанского университета, откуда отчислен по болезни. Султанов дослужился до звания подпоручика, в 1861–65 был начальником 20-го и 7-го Мензелинского кантонов, в 1866–85 выполнял обязанности мирового посредника, затем мирового судьи в Мензелинском и Белебеевском уездах
2 января 1886 указом императора Александра III М. Султанов был утвержден в должности муфтия — председателя ОМДС. В августе 1886 г. он выдвинул новый проект выборов казыев (заседателей Духовного собрания), в соответствии с которым они избирались на окружных съездах. «Во избежание всяких кривотолков и недоразумений, — писал Мухамедьяр Султанов, — было бы желательно устранить полицию от всякого участия в выборах». Директор Департамента духовных дел иностранных исповеданий учреждения М. Кантакузин-Сперанский убедил муфтия отказаться от своих предложений.
В итоге, М. Султанов получил небывалую ранее возможность контроля над кадровым составом казыев, так как с 1889 г. казыи и кандидаты стали утверждаться Министерством внутренних дел по представлению муфтия. Но знание казыями русского языка и законов резко повысило их роль в отношениях с администрацией и в аппаратной деятельности. В 1890-е гг. М. Султанов рекомендовал трех выдающихся казыев: великого улема и муфтия ЦДУМ в 1921-1936 гг. Ризу Фахретдина, автора первого фундаментального труда по истории тюркских народов и государств Хасан-Гату Габаши и первого политика и политэмигранта Габдеррашида Ибрагима.
Мухаммедъяр Султанов всегда подчеркивал уникальную роль Оренбургского муфтия как лидера, представителя многомиллионной российской уммы. Так, в январе 1890 г. от имени Духовного Собрания и муфтия М. Султанова поступил благодарственный адрес на имя императора в честь 100-летия учреждения Оренбургского Духовного Собрания, подписанный 62 духовными и светскими лицами, включая ряд ахунов, имамов, прихожан и шакирдов из Казани, Казанского уезда, Стерлитамака, Касимова, Симбирска и Троицка. Обращение было актуальным, ведь тогда уже прямо критиковалась вся религиозная политика Великой Екатерины, включая создание ОМДС, и муфтият планировали расчленить на несколько частей.
М. Султанов не поддерживал жестко джадидскую или кадимистскую школы, но выбрал в качестве казыев ряд видных джадидов, включая Габдеррашида Ибрагима, Хасан-Гату Габаши, Хайруллу Усманова, Ризу Фахретдина, Габдуллу Апаная (последний не утвержден властями). Поэтому Исмагил Гаспринский не без основания называл в числе сторонников издания газеты «Тарджеман» и просветительской программы джадидов не только вышеупомянутых казыев, но и муфтиев Салим-Гирея Тевкелева и Мухаммедъяра Султанова. В 1887 г. к приезду Мухаммедъяра Султанова Исмагил Гаспринский приурочил открытие образцового новометодного мектеба на Нижегородской ярмарке.
В 1893 г. С. выехал в хадж, был принят османским султаном Абдул-Хамидом II, прошел курс занятий по акиде в Бейруте, однако так и не имел систематического богословского образования, что вызывало критику, например, «вследствие слабого понимания муфтием глубины смысла Алкорана»
13 декабря 1894 г. М. Султанов обратился к министру народного просвещения И.Д. Делянову с просьбой отменить ограничения для мусульман в области образования. Муфтий полагал, что эта мера послужит прогрессу мусульман, однако министр отказался выполнить просьбу главы ОМДС.
Мусульмане России выполнили свой гражданский долг в ходе русско-японской войны 1904-1905 гг. По указанию муфтия М. Султанова, был организован сбор пожертвований. Духовенство проводило молебствия о победе российского оружия.
С началом революции 1905-1907 гг. в марте 1905 г. М. Султанов обратился с петицией в Кабинет Министров, где указывал, что мусульмане в армии не имеют возможности исполнять обряды своей религии за упразднением должностей военных мулл, а сами муллы временно удаляются от своих должностей губернаторами в административном порядке.
10-15 апреля 1905г. в Уфе при ОМДС под председательством муфтия М. Султанова прошло заседание «Улама жэмгыяте» («Общества улемов»). Совещание было созвано по указанию Председателя Кабинета Министров Сергея Витте для составления официального доклада, касающегося проблемы мусульманской общины. Основным докладчиком был казый Р. Фахреддин. Его предложения сводились к созданию религиозной автономии (миллета). Он предложил создать пост Шейх уль-Ислама, как единого лидера российских мусульман, избираемого ими самими, в ранге имперского мира. Единый религиозный орган российской уммы — Собрание (Управление) во главе с Шейх уль-Исламом располагается в столице и должно состоять из улемов. Р. Фахреддин также предложил передать казахов в сферу компетенция ОМДС. Ю. Акчура особо отметил необходимость контроля ОМДС за деятельностью мечетей, мектебов и медресе. 12 мая 1905 г. петиция с сопроводительным письмом муфтия были направлены в МВД.
22-25 июня 1905 г. в Уфе прошло «Совещание доверенных башкирских волостей Уфимской губернии для обсуждения вопросов, касающихся мусульманской религии». Важнейшим требованием программы являлось создание среднего звена управления на уровне уезда — окружных управлений ахунов, что намечалось уже муфтием Мухаммеджаном Хусаином. Они приравнивались «к уездным учреждениям в сфере духовно-религиозных, духовно-учебных и нравственно-воспитательных» и получали «право созыва приходского или сельского... обществ», а также право постановки приговора. Намечался принцип строгого распределения полномочий между управлениями окружных ахунов и местными властями. Ведение всего делопроизводства в этих окружных учреждениях предполагалось на татарском языке. Управления приходских имамов должны были обеспечивать монопольный контроль над общественной жизнью махаллей. Высшим духовным чином предполагался муфтий, избираемый мусульманским населением всего округа Духовного Собрания. Он получал ранг единоличного главы миллета с правом доклада императору (Ст. 47). Высшим органом миллета является съезд высшего духовенства, проводимый раз в три года «на предмет рассмотрения и обсуждения вопросов принципиального свойства, выдвигаемых жизнью, и согласования разрешения таковых с правилами шариата». М. Султанов не был противником создания религиозной автономии, но считал, что ее осуществление должно быть санкционировано государством. Материалы совещания 1905 г со специальной докладной запиской муфтия были переданы председателю Комитета Министров графу С. Витте.
М. Султанов инициировал издание печатных органов ОМДС — газеты «Аль-галям аль-ислами» (1906 г.) и журнала «Маглюматы махкамаи шаргияи Орынбургия» (1908–1917 гг. с перерывами).
В дни революции 1905–1907 гг. М. Султанов выступал с фетвами о недопустимости покушений на частную собственность, боролся с участием духовенства в политической деятельности. Вместе с тем он добивался отмены отстранения от богослужения имамов, подвергшихся преследованиям за якобы антипатриотическую агитацию во время русско-японской войны 1904–1905.
М. Султанов с 1890-х гг. активно выступал за систематизацию и увеличение численности вакфов. Он участвовал в деятельности мусульманских благотворительных учреждений, включая Попечительство о бедных мусульманах г. Уфы, Уфимский приют престарелых мужчин и мальчиков-магометан ведомства Императорского человеколюбивого общества.
В 1910 г. широко отмечалось 25-летие пребывания на посту муфтия М. Султанова. Был образован Комитет по подготовке праздника, в который вошли известные религиозные и общественные деятели. Пиком кампании за создание светской школы на родном языке стал съезд, собравшийся 19-21 мая 1911 г. в Уфе в честь 25-летнего пребывания Мухаммедъяра Султанова на посту муфтия. Всего присутствовало до 1500 человек из 36 губерний, включая около 600 делегатов. Организатором подготовки реформы образования выступил казый Хасан-Гата Габаши. Ахмад-Хади и Садри Максуди, Фатих Карими, имамы Кашшаф Тарджемани, Садык Иманколый, Джамалетдин Хурамшин, Фатах Муртазин и ряд других добились принятия решения об открытии в Уфе мужской и женской учительских школ. После празднования юбилея Комитет разработал проект устава учебных учреждений, который был одобрен 30 марта 1912 г. авторитетными деятелями мусульманского духовенства. Однако, несмотря на поддержку Уфимского губернского земства, этот проект был отвергнут правительством.
Власти в начале прошлого века неоднократно планировали расчленение муфтията по племенному и региональному признаку, особенно в эпоху премьерства П.А. Столыпина (1906-1910). Они упрекали Султанова в том, что он фактически солидаризировался с программой джадидов, многие из которых были казыями ОМДС. Предложенный им на пост казыя казанский имам и мударрис член ЦК «Иттифака» Абдулла Апанай был не утвержден властями и отправлен в ссылку в 1908г. Но муфтий сумел сохранить единство мусульман ОМДС как от волны террора, так и от попыток расчленения. В этом здравом консерватизме и умении найти центристскую позицию, наверное и заключается главное наследие муфтия Мухаммедъяра Султанова.
Муфтий М. Султанов был награжден орденом Станислава 1-й (1888) и Святой Анны 1-й степени (1896). Похоронен на территории 1-й соборной мечети в Уфе.
